各地のターミナルにて、お金を払ってスマホのアップグレードが可能。
幻想郷各所で自撮りするたびに、アップグレード内容が追加されていく。
アップグレードで追加される機能には、常時発動する(パッシブ)機能と、
戦闘中のスペシャル欄から使用可能なコマンドがある。
便利な機能が多いが、費用も馬鹿にならないのでご利用は計画的に。
| 名称 | 効果 | アップグレード費用(円) | アップグレード可能時期 |
| 回避+コマンド | 味方全体の回避力を1段階増加させる | 1000 | 地霊殿到達時点から可能 |
| パーティー最大人数1 | パッシブ:パーティーの最大人数が４人増加する | 800 | 地霊殿到達時点から可能 |
| セーフハイジャック | パッシブ:ハイジャック失敗時、ターンが強制終了しなくなる | 500 | 地霊殿到達時点から可能 |
| 緊急電源 | パッシブ:バッテリー残量が0になってもスリーパーを維持可能になる。残量0の時はスリーパーの呼び出しはできない。 | 1000 | 地霊殿到達時点から可能 |
| ファストハイジャックコマンド | 菫子のレベルが敵スリーパーを上回るとき、ハイジャックを自動成功させる。 | 9000 | 地霊殿到達時点から可能 |
| 防御+コマンド | 味方全体の防御力を1段階増加させる | 1750 | 旧地獄で自撮り後 |
| 攻撃+コマンド | 味方全体の攻撃力を1段階増加させる | 3000 | 旧地獄で自撮り後 |
| SPディフェンス | パッシブ:戦闘中、防御をするたびSPを得る | 5000 | 旧地獄で自撮り後 |
| パーティー最大人数2 | パッシブ:パーティーの最大人数が４人増加する | 2500 | 旧地獄で自撮り後 |
| HP表示 | パッシブ:通常戦闘中のみ、敵のHPが表示される | 4000 | 旧地獄で自撮り後 |
| リカバリーコマンド | 味方全体のHPを全回復する | 5000 | 紅魔館で自撮り後 |
| 防御-コマンド | 敵全体の防御力を1段階減少させる | 6000 | 紅魔館で自撮り後 |
| 攻撃-コマンド | 敵全体の攻撃力を1段階減少させる | 7500 | 紅魔館で自撮り後 |
| 回避-コマンド | 敵全体の回避力を1段階減少させる | 5000 | 紅魔館で自撮り後 |
| バッテリーアップグレード | パッシブ:バッテリーの消耗を減らす | 10000 | 永遠亭で自撮り後 |
| 耐性表示 | パッシブ:データベース登録済みの敵の属性耐性が表示される | 12000 | 永遠亭で自撮り後 |
| 阻害コマンド | 敵全体の行動を1ターン封じる | 10000 | 夢の世界でドレミーと会話後 |
| ハイジャックアタック | パッシブ:ハイジャック時の与ダメージが増加する | 7000 | 夢の世界でドレミーと会話後 |
| パーティー最大人数3 | パッシブ:パーティーの最大人数が４人増加する | 7500 | 夢の世界でドレミーと会話後 |
| MP回復 | パッシブ:味方全体が戦闘終了後にMPを得られるようになる | 30000 | 守矢神社で自撮り後 |
| SP増加 | パッシブ:すべての行動でSPが得られるようになる | 20000 | 守矢神社で自撮り後 |
| 合体アップグレード1 | パッシブ:合体の最大レベルが5レベル増加する | 15000 | 守矢神社で自撮り後 |
| 貫通コマンド | １ターンの間すべての敵の耐性を無視する | ||
| 合体アップグレード2 | パッシブ:合体の最大レベルが5レベル増加する |