ゲーム開始直後はニンジャスレイヤーのステータスが低く、使えるスキルやヒサツ・ワザも少ないので、
序盤は簡単なステージから攻略を進め、難しい(あるいは苦手な)ステージの攻略は後回しにしよう。
ステージの難易度とクリア時に獲得できるスキル等を考慮したオススメ攻略順は下記の通り。
| ステージ名 | ボス | 初クリア時ボーナス | オススメ順の理由 | |
| 1 | コウソクドウロ | バジリスク | ・新スキル「ブリッジ回避」獲得 ・最大HP+10 | ステージに厄介なギミックがなく、比較的攻略しやすい。ボスの弱点がポン・パンチなので、初期状態でも倒しやすい。クリア報酬のブリッジ回避が有用。 |
| 2 | ネオサイタマ シガイチ | ソニックブーム | ・新スキル「サマーソルト・キック」獲得 ・最大HP+10 | ステージに厄介なギミックがなく、比較的攻略しやすい。ボスの弱点がポン・パンチなので、初期状態でも倒しやすい。 |
| 3 | ホームレスキャンプ | インターラプター | ・新スキル「タツマキケン」獲得 ・ヒサツ・カウント最大値+1 | ボスの隙が大きめで倒しやすい。クリア報酬のヒサツ・カウント+1が有用。 |
| 4 | ヨロシサンセイヤク ダイイチプラント | ノトーリアス | ・新スキル「ツヨイ・スリケン」獲得 ・最大HP+10 | ネオサイタマ シガイチクリア済みならサマーソルト・キックでボスの弱点をつける。 |
| 5 | コケシマート | アイアンヴァイス | ・新スキル「フックロープ」獲得 ・最大HP+10 | ヨロシサンセイヤククリア済みなら「ツヨイ・スリケン」でボスの弱点をつける。 |
| 6 | ハイビル | アーソン | ・新スキル「二段ジャンプ」獲得 ・ダッシュゲージ+1 | クリア報酬がどちらも有用なのでもっと優先したいが、ステージギミックにより体力が削られやすいので後半に回した。 |
| 7 | オニガワラツェッペリン | クラウドバスター | ・新スキル「ドラゴン・トビゲリ」獲得 ・最大HP+10 | ステージから落下すると即死なので、二段ジャンプを獲得してから攻略したい。 |
| 8 | コトダマクウカン | ダイダロス | ・新スキル「アラバマオトシ」獲得 ・最大HP+10 | 難関というわけでもないが、ボスの弱点ドラゴン・トビゲリの習得後に攻略したいため。 |
なお、上記のオススメ順はプレイスタイルや得手不得手により変動の可能性があるので、あくまで参考程度に。
ボスにはそれぞれ弱点ヒサツ・ワザが設定されており、そのヒサツ・ワザを当てることでスタンさせることができる。
ボス戦に入る前にヒサツ・カウントを貯めておき、ナラクモードになるまではヒサツ・ワザを温存しておき、
ナラクモードに入ってから弱点ヒサツ・ワザ→通常攻撃3連→弱点ヒサツ・ワザ→…とすると、敵の体力を一気に削ることができる。
各敵ニンジャの弱点については敵ニンジャのページを参照。
一部のスキルは、特定のステージをクリアするまで使用できない。
ブリッジ回避はコウソクドウロ、フックロープはコケシマートをクリアすると使用可能になる。
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