各ダンジョンの解放条件については、ストーリーチャートを参照。
メインストーリー関連のボスフロアは、一度到達すると転移先に登録される。
メインストーリー関連のダンジョンに出現するBossは、一度倒すと同じフロアを再訪しても再戦できない。
| 入口 | 名称 | フロア | 編成制限 | ボス戦 | アイテム持込 | アイテム 鑑定状態 | 開始時 レベル |
| 博麗神社の裏庭 | 三月精ハウスへようこそ | 7 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社 | 人里までの道 | 9 | 有 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 紅き洋館を目指して | 26 | 有 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 咲かぬ桜が咲くほうへ | 29 | 有 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 永夜へ駆ける | 35 | 有 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社 | 謎の神殿へ至る道 | 7 | 有 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 瑰麗神殿・大烏居前 | 瑰麗の塔 -調査- | 7 | 有 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 瑰麗神殿・大烏居前 | 瑰麗の塔 -決戦- | 43 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 瑰麗神殿・大天守閣 | 後戸の世界 | 39 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
各ダンジョンの解放条件については、サブイベントを参照。
サブイベント関連のボスフロアは、到達しても転移先に登録されない。
サブイベント関連のダンジョンに出現するBossは、一度倒しても同じフロアを再訪することで再戦できる。
| 入口 | 名称 | フロア | 編成制限 | ボス戦 | アイテム持込 | アイテム 鑑定状態 | 開始時 レベル |
| 人間の里 | 行方不明の大工を探せ！ | 12 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 紅魔館・大図書館 | 大図書館は動かない | 9 | 有 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 秘蔵のお酒はどこにある？ | 15 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 紅魔館・エントランス | 門番の威厳 | 9 | 有 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | なんでもかんでも治せ草 | 9 | 有 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 冥界入り口 | お化け屋敷へようこそ | 10 | 有 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里・倉庫 | 片付け下手の貸し倉庫 | 8 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 永遠亭へ、キミをよぼう！ | 12 | 有 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 竹取る物語 | 15 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 永遠亭・秘密基地 | LOVE IT | 10 | 有 | 無 | 持込不可 | 全て鑑定済み | 1 |
| 人間の里 | ラッキーラビット | 18 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里・賭場 | 賭博黙示録レイム | 15 | パートナー 同行不可 | 無 | 持込不可 | 全て鑑定済み | 1 |
| 人間の里 | サイレント・ヴォイス | 15 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 雪道を行く | 6 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 人間の里 | 人形遣いとお使いと | 16 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 紅魔館・エントランス | 永遠に紅い幼き月 | 1 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 白玉楼・庭園 | 彷徨わない亡霊 | 1 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 永遠亭・永琳の診療所 | 永遠のお姫様 | 1 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 瑰麗神殿・大天守閣 | 巫女と巫女 | 2 | 無 | 有 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社 | 伊弉諾(イザナギ)の古井戸 | 99 | 無 | 無 | 持込不可 | 未鑑定 | 1 |
| 博麗神社 | 博麗神社の古井戸 | 99 | パートナー 同行不可 | 無 | 持込不可 | 未鑑定 | 1 |
| 博麗神社の裏庭 | 超硬い!?カチカチエネミー! | 7 | パートナー 同行不可 | 無 | 持込不可 | 全て鑑定済み | 15 |
| 博麗神社の裏庭 | これが「お札」で「切り札」よ! | 9 | パートナー 同行不可 | 無 | 持込不可 | 全て鑑定済み | |
| 博麗神社の裏庭 | 無限の挑戦 紅魔郷のメモリー | 5 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社の裏庭 | 無限の挑戦 妖々夢のメモリー | 6 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社の裏庭 | 無限の挑戦 永夜抄のメモリー | 7 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社の裏庭 | 無限の挑戦 瑰麗のメモリー | 4 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
| 博麗神社の裏庭 | 無限の挑戦 後戸のメモリー | 5 | 無 | 無 | 制限なし | 全て鑑定済み | 継続 |
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