メインストーリーとは直接関係しないイベント。
人間の里での咲夜加入イベント後に最初のサブイベントが解放され、以降、
メインストーリーの進行とともに新たなサブイベントが順次追加されていく。
開始・進行可能なサブイベントがある場所には、幻想郷地全図上では…マーク、
ミニマップ上では！マークが表示される。
サブイベントを進めることで、新たなダンジョンや、リンクが解放される。
| イベント名 | 開始可能時期 | 関連ダンジョン | 獲得できるリンク |
| 行方不明の大工 | 人間の里での咲夜加入イベント後 | 行方不明の大工を探せ！ | チルノリンク |
| 逃げる本を追いかけろ！ | 人間の里での咲夜加入イベント後 | 大図書館は動かない | 超・魔理沙リンク |
| 酒の肴と祝い酒 | ダンジョン「咲かぬ桜が咲くほうへ」クリア後 | 秘蔵のお酒はどこにある？ | 萃香リンク |
| ぽかぽか三月精ハウス | ダンジョン「咲かぬ桜が咲くほうへ」クリア後 | - | ラルバリンク |
| びっくりの極意 | Boss「ハクタク」撃破後 | - | 小傘リンク |
| 消えた工具箱 | ダンジョン「咲かぬ桜が咲くほうへ」クリア後 | - | たかねリンク |
| 門番の憂鬱 | ダンジョン「咲かぬ桜が咲くほうへ」クリア後 | 門番の威厳 | 超・咲夜リンク |
| なんでもかんでも治せ草 | ダンジョン「永夜へ駆ける」クリア後 | なんでもかんでも治せ草 | 超・うどんげリンク |
| 潜入、お化け屋敷！ | ダンジョン「永夜へ駆ける」クリア後 | お化け屋敷へようこそ | 超・妖夢リンク |
| リベンジ！てゐの秘密基地 | ダンジョン「瑰麗の塔 -調査-」の最深部に到達後 | LOVE IT | てゐリンク |
| 人々を刺す者 | ダンジョン「瑰麗の塔 -調査-」の最深部に到達後 | 永遠亭へ、キミをよぼう！ | 永琳リンク |
| 喜びを細く長く | ダンジョン「瑰麗の塔 -調査-」の最深部に到達後 | 竹取る物語 | 美宵リンク |
| 倉庫を整理しよう！ | ダンジョン「瑰麗の塔 -調査-」の最深部に到達後 | 片付け下手の貸し倉庫 | 菫子リンク |
| 人生を賭けた勝負 | ダンジョン「瑰麗の塔 -決戦-」クリア後 | ラッキーラビット 賭博黙示録レイム | 山如リンク |
| まごうことなき桃源郷？ | サブイベント「人生を賭けた勝負」クリア後 | - | 超・霖之助リンク |
| 誕生、霊夢先生！ | ダンジョン「瑰麗の塔 -決戦-」クリア後 | サイレント・ヴォイス | 慧音リンク |
| 心のこもったボロボロ帽子 | ダンジョン「瑰麗の塔 -決戦-」クリア後 | 雪道を行く 人形遣いとお使いと | 成美リンク |
| 試される実力 | ダンジョン「後戸の世界」クリア後 | 永遠に紅い幼き月 | - |
| 食前の運動 | ダンジョン「後戸の世界」クリア後 | 彷徨わない亡霊 | - |
| 輝夜の聖域を守ろう！ | ダンジョン「後戸の世界」クリア後 | 永遠のお姫様 | - |
| 巫女と巫女 | ダンジョン「後戸の世界」クリア後 | 巫女と巫女 | - |
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