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ラオモトを撃破すると解放される、本編中に登場したボスたちと連戦するモード。
4種の難易度が選択でき、高い難易度になるとニンジャスレイヤーの能力に様々な制限が付く。
| 難易度 | 制限事項 |
| EASY | なし |
| NORMAL | ・防御力ダウン |
| HARD | ・攻撃力ダウン ・ダッシュゲージ消費量2倍 |
| JIGOKU | ・ヒサツ・ワザ使用不可 ・体力回復無し |
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