NPCたちから課される、あるいは依頼される、様々な目標。
達成することでAPやプロトタイプ解析器などの報酬を受け取ることができる。
ストーリーの進行に関わるメイン目標と、報酬がもらえるだけのサブ目標がある。
前の目標を達成すると、次の目標が出現する。
| 名称 | 内容 | 報酬 | 提出対象 |
| ACE世界に到着しました | スクリーンと会話する | プロトタイプ解析器 | スクリーン |
| 初の意識訓練 | 意識訓練に1回参加する | AP×300 | スクリーン |
| 眠りから目覚める | 眠っているNeoを呼び覚ます | AP×100 | Neo |
| 意識向上への初認識 | 意識向上レベルがLv2に達する | 意識結晶「興奮ブラッド」 | Neo |
| IOに返信 | スクリーンと会話する | プロトタイプ解析器 | スクリーン |
| 代々引き継ぐ | 継承技を装着した状態で意識訓練を1回クリアする | プロトタイプ解析器 | スクリーン |
| 闇夜の朝日 | ダークナイトシティでオブザーバーかスカベンジャーを撃破する | AP×500 | スクリーン |
| 意識送信Ⅰ | 評価が200ポイント以上のエボタイプを1個所有する | 分散意識×5 | IO |
| 訓練アップグレード | Neoと会話する | AP×100 | Neo |
| 意識結晶の力 | 意識結晶がインプラントされた状態で意識訓練を1回クリアする | プロトタイプ解析器 | Neo |
| いつもと違うIO | IO本体と会話する | AP×100 | IO |
| 無限の可能性 | 1回の訓練でポテンシャルを3個獲得する | AP×300 | IO |
| 特別な訓練方法 | 意識挑戦第一ステージをクリアする | AP×300 | IO |
| 意識送信Ⅱ | 評価が500ポイント以上のエボタイプを1個所有する | プロトタイプ解析器 | IO |
| 新しい目標発表者 | Dorと意識訓練の第3フェーズについて会話する | AP×100 | Dor |
| 読み込み | 1回の訓練で異なる戦術ツリーの戦術を3個獲得する | AP×300 | Dor |
| 私の問題? | IO本体と会話する | AP×100 | IO |
| 意識送信Ⅲ | 評価が800ポイント以上のエボタイプを3個所有する | プロトタイプ解析器 | IO |
| 訓練を続ける | Neoと会話する | AP×100 | Neo |
| 廃墟清掃 | 廃墟でアラクネかダーティ・アイを撃破する | AP×800 | Neo |
| 隠したこと | IO本体と会話する | AP×100 | IO |
| 嵐の後 | Neoと会話する | AP×100 | Neo |
| 桜が散る | 桜城下でオリードかNAN-FIRE BITEを撃破する | AP×1000 | Neo |
| 調査結果 | IOと会話する | AP×100 | IO |
| 意識送信Ⅴ | 評価が1100ポイント以上のエボタイプを5個所有する | プロトタイプ解析器 | IO |
| 最後の訓練フェーズ | Neoと会話する | AP×100 | Neo |
| オメガの王 | スサノオを撃破する | AP×1000 | Neo |
| 最後の言葉 | IOと会話する | AP×100 | IO |
| 意識送信Ⅵ | 評価が1200ポイント以上のエボタイプを5個所有する | AP×1500 | IO |
メイン目標の進行とともに、請け負うことができる目標が増えていく。
| 名称 | 内容 | 報酬 | 提出対象 |
| より強い意識 | 意識向上のレベルが25に達する | AP×2500 | Neo |
| 戦術マスター | 異なる戦術を合計50個集める | プロトタイプ解析器 | Dor |
| 結晶の閃き | 異なる意識結晶を合計5個所有する | AP×2500 | Neo |
| 強者 | 意識挑戦第5ステージをクリアする | AP×1000 | IO |
| プロトタイプ収集 | プロトタイプを合計5体解放する | AP×1000 | IO |
| 商品取引 | 引換空間の累計取引15回 | AP×1500 | Dor |
| 一攫千金 | EP(引換ポイント)を合計10000消費する | AP×1500 | IO |
| アバター収集 | 異なるアバターを3個所有する | AP×3000 | B.C. |
| 消費リベート | APを合計10000ポイント消費する | AP×1500 | B.C. |