STAGEをクリアもしくは敗北後に獲得できる指揮官経験値が一定値に達すると、指揮官レベルが上昇する。 指揮官レベル上昇時に得られるポイントを割り振ることで、指揮官スキルを習得できる。
指揮官スキルを習得することで、 味方ユニットのステータスを強化したり、新しい味方ユニットを解放できたりする。